زندگی امام باقر (ع) در دوره خلافت اموی، بخصوص در زمان حکومت هشام بن عبدالملک، می‌گذرد.این دوره شاهد تنش‌های سیاسی فراوان و حرکت‌های مختلف اعتراضی بود.با وجود فشارها و محدودیت‌هایی که خلفای اموی اعمال می‌کردند، امام باقر (ع) با استفاده از فرصت‌های موجود به تعلیم و ترویج معارف اهل بیت (ع) پرداخت.
دوران امامت امام محمد باقر (ع) از سال ۹۵ هجری قمری پس از وفات پدرش، امام زین العابدین (ع)، آغاز شد و تا سال ۱۱۴ هجری قمری، زمان شهادتش ادامه یافت. این دوره نزدیک به ۱۹ سال طول کشید و در زمان حکومت خلفای اموی از جمله عبدالملک بن مروان، ولید بن عبدالملک و هشام بن عبدالملک رخ داد.این دوران،شرایطی را فراهم کرد که امام باقر (ع) توانست نقش مهمی در ترویج دین و علم ایفا کند.
شهادت امام باقر(ع) را در ۵۷ سالگی و در ۷ ذی‌الحجه سال ۱۱۴ هجری قمری دانسته‌اند؛
شهادت ایشان بر اثر مسمومیتی بود که بدستور هشام بن عبدالملک، خلیفه اموی، صورت گرفته است
سرانجام حضرت امام محمدباقر (ع) پس از شهادت در قبرستان بقیع در کنار مرقد پدر بزرگوارشان امام سجاد (ع) و عموی پدرش، امام حسن مجتبی (ع) مدفون شد.